Fakultas Ekonomi Universitas Balikpapan (FE UNIBA) lahir bersamaan dengan berdirinya Universitas Balikpapan (UNIBA) pada tanggal 1 Juli 1981, berdasarkan Surat Keputusan Dewan Umum Yayasan Dharma Wirawan Kalimantan Timur: Kep.03/YDW/08/81 yang dikeluarkan di Jakarta pada tanggal 1 Agustus 1981. Pada awal berdiri, Fakultas Ekonomi hanya memiliki satu program studi yaitu program studi Ilmu Ekonomi dan Studi Pembangunan (IESP). Seiring dengan laju perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi serta pengembangan pendidikan di Indonesia, kemudian pada tahun 1991 Fakultas Ekonomi Universitas Balikpapan membuka dua program studi baru yaitu program studi Manajemen dan program studi Akuntansi.
Sejalan dengan meningkatnya kepercayaan masyarakat terhadap Universitas Balikpapan dan upaya yang dilakukan oleh Sivitas Akademika, maka sampai saat Pedoman Akademik ini disusun Fakultas Ekonomi membina dua program studi, dua Program Studi yaitu Manajemen dan Akuntansi telah meningkat statusnya dari status diakui menjadi status terakreditasi berdasarkan penilaian dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Status terakreditasi program studi Manajemen yang berlaku saat ini ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor: 4014/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/VII/2020, tanggal 14 Juli 2020, sedangkan program studi Akuntansi berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor: 3172/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2019, tanggal 21 Agustus 2019
Konsolidasi internal telah dilakukan Fakultas Ekonomi Universitas Balikpapan melalui pembinaan dan pemberian kesempatan kepada setiap program studi untuk melakukan kegiatan secara efektif dan efisien, sehingga Fakultas Ekonomi dapat menopang Universitas Balikpapan di dalam mewujudkan perguruan tinggi yang memiliki daya saing tinggi dengan berwawasan kebangsaan, menjunjung tinggi harkat kemanusiaan dan mampu beradaptasi terhadap perkembangan IPTEKS bidang ekonomi maupun perkembangan masyarakat industri.
Sejak dibukanya hingga sekarang, Fakultas Ekonomi Universitas Balikpapan telah meraih berbagai keberhasilan, meskipun masih perlu upaya penyempurnaan seiiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada era globalisasi dan digitalisasi saat ini.